После разделения белка или нуклеиновых кислот электрофорезом, нужная молекула перенесена на мембрану. Определенная РНК или фрагменты ДНК определены гибридизацией с помощью антител, состоящими из маркированной ДНК (Southern blotting) или РНК (Northern blotting) последовательности.
Меченые антитела используются для исследования конкретных белков в Вестерн-блоттинге, и обнаружение флуоресценции на основе мультиплексирования позволяет обнаруживать несколько белков одновременно. Аналогичные подходы могут быть применены для выявления посттрансляционных модификаций белков (Eastern blotting), без антител белок-белковых взаимодействий (Far-Western blotting), взаимодействия белок-ДНК (Southwestern blotting), и белок-РНК взаимодействий (Northwestern blotting).